Au cours de son histoire, la manufacture va produire toutes les variétés de tabacs commercialisées en France :

poudre (tabac à priser) ;

rôles et carottes (tabac à mâcher) ;

scaferlati, cigares, cigarillos et cigarettes tabac à fumer) et connaître toutes les phases de l’industrialisation.

Jusqu’aux années 1860, la plupart des opérations s’effectuent manuellement. Le filage, le rôlage et le carottage requièrent l’emploi de rouet et de presses à bras. Le tabac est réduit en poudre au moyen de moulins rudimentaires constitués de pilons et d’un mortier. La préparation des feuilles pour la confection des cigares (capes et sous-capes) et du scaferlati se déroule également à la main.

Accompagnant les travaux de modernisation du parc industriel de l’Etat, la construction du viaduc de Morlaix entre 1861 et 1864 facilite désormais l’approvisionnement par le rail des appareils mécaniques.

 La gare de Morlaix

 Destinés à la confection du scaferlati, les premiers torréfacteurs mécaniques système Rolland font leur entrée à la même époque.

Quatre grands chantiers de construction menés entre 1867 et 1872 permettent la mise en place des installations de force motrice à la vapeur, la construction de nouveaux ateliers et la création de la salle de râpage mécanisée de la poudre qui constitue aujourd’hui l’un des joyaux de la manufacture. Entièrement automatisé au moyen de moulins en fonte, de vis d’Archimède et de norias élévatrices, le dispositif de cette salle est aménagé sur trois étages dans le bâtiment H (bâtiment de l’horloge).

Remplacés par un système de broyage automatisé, les moulins cessent de tourner en 1982.

Le 19 octobre 1995, un incendie endommage gravement la toiture et une des ailes.

En 1997, l’ensemble architectural de la Manufacture est inscrit à l’inventaire supplémentaire des Monuments historiques.

Après l'annonce par Altadis (anciennement  Seita) en 2000 de l’arrêt définitif de ses activités à Morlaix à l’orée 2004, la Chambre de commerce et d’industrie de Morlaix se porte acquéreur du monument en avril 2001, et en obtient le classement Monuments historiques en septembre.

En mai 2002, un schéma directeur pour la reconversion du site est adopté par l’ensemble des acteurs du projet. Il prévoit de privilégier la mixité des affectations à l’intérieur du site, autour de quatre pôles : de l’habitat, de l’enseignement (IUT de Brest), de la culture, et des entreprises. Sur les 31 000 m² de plancher, 10 000 sont démolis entre 2003 et 2005. En décembre 2007, toute l'aile ouest de l'ensemble architectural retrouve de nouvelles affectations : ateliers d'artistes, entreprises, bureaux...

Fin 2008, une première tranche de travaux de réfection des charpentes et toitures incendiées (aile nord) s'achève.